紫水晶（アメジスト）
紫水晶（むらさきすいしょう）は紫色に色づいた水晶。
紫色の発色はケイ素を置換した微量の鉄イオンによる色中心が原因と考えられている。
尖っていて、細長く装飾品に使われる場合は研磨される場合が多い。
黄水晶（citrine、シトリン）
黄水晶（きすいしょう）は黄色に色づいた水晶。
黄色の発色は紫水晶と同じように鉄イオンによる色中心が原因で、黄水晶と紫水晶の色の違いは色中心のエネルギー準位が違うと考えられている。
天然の黄水晶の産出は少なく、市場に出回っている黄水晶のほとんどは紫水晶を熱処理して黄色にしたものである。
黄水晶の薄い黄色はトパーズに似るため、シトリン・トパーズとも言われ、安価なトパーズの代用品として使われる。また、トパーズと偽って売られる場合もある。
紅水晶（rose quartz、ローズクォーツ）
紅水晶（べにすいしょう）は薄いピンク色に色づいた水晶。
煙水晶（smoky quartz、スモーキークォーツ）
煙水晶（けむりすいしょう）は灰色に色づいた水晶。ケイ素を置換した微量のアルミニウムイオンが特に多量の放射線を受けると色中心となり、光を吸収するため灰色に見える。受けた放射線の量が多いほど色が濃くなる。
