水晶に不純物が混じり色のついたものを色つき水晶という。インクルージョン（内包物または包有物）を含んだり、結晶の形が変わって見えるものを変わり水晶という。色つき水晶は準貴石として扱われる。変わり水晶はコレクターに人気がある。
黒水晶（morion）
黒水晶（くろすいしょう）は不透明と言えるほど黒く色づいた水晶。色の濃い煙水晶との区別は、結晶構造が破壊されたもの、表面に透明感のないものなどと言われることもあるが、黒水晶と色が濃くなった煙水晶を区別する明確な定義は存在しない。アメシストに放射線照射をして色を付ける場合が多い。
レモン水晶
レモン水晶（レモンすいしょう）は硫黄により黄色に色づいた水晶。結晶の間に硫黄が入ったために黄色に色づいて見える。
山入り水晶 （ファントムクォーツ）
一度結晶成長が止まり、再度結晶成長をしたもの。中の結晶と外側の結晶の間に不純物が入り込むと結晶の境界が目で確認できる。
このため、中に含まれる結晶の頭部が山のように見える。
ファントムクォーツ（幽霊水晶）とも呼ばれる。
また、通常の山入り水晶の内包物は白色だが、緑色の場合もあり、こちらはグリーンファントムと呼ばれる。
なお、中に含まれる結晶の頭部が1つではなく、複数の場合もあり、こちらは高価で取引される。
