水晶に不純物が混じり色のついたものを色つき水晶という。インクルージョン（内包物または包有物）を含んだり、結晶の形が変わって見えるものを変わり水晶という。色つき水晶は準貴石として扱われる。変わり水晶はコレクターに人気がある。
松茸水晶
成因は山入り水晶とほぼ同じだが、先に晶出した水晶の先端に外側の結晶が大きく成長し、まるでキノコのような形になった水晶。
ススキ入り水晶
水晶の結晶中に電気石などの柱状の鉱物がインクルージョンとしてあるもの。細い苦土電気石が入り込むとほのかに緑色にみえ、まさにススキのように見える。
草入り水晶 （ガーデンクォーツ）
水晶の結晶中に緑泥石などの不定形な（あるいは草のように見える）鉱物がインクルージョンとしてあるもの。インクルージョンの形によって苔のように見えたり、毬藻のように見えたりする。インクルージョンが緑泥石のように緑色のものは、まさに草入りというにふさわしいものがある。
水入り水晶
水晶の結晶中に空洞があり、それが液体で満たされているもの。閉じ込められた液体は、水晶の成長当時の環境を保存していると考えられる。空洞中に液体と共に気泡が入っている場合があり、結晶を傾けると空洞中の壁に沿って気泡が移動するのを観察できることがある。
日本式双晶
日本式双晶 (Japanese-twin) は2個の結晶がξ面（(1122) 面）を双晶面として84°33′の角度で接合した、多くハート形の双晶 (twin crystal)。
